Στα 15 του πήρε μεταγραφή στον ΠΑΟΚ
Οι "ασπρόμαυροι" τον απέκτησαν το 2011 όταν αυτός ήταν 15 ετών. "Σε μία σημαντική κίνηση με πολλές προοπτικές και σοβαρή επένδυση για το μέλλον, προχώρησε η ΚΑΕ ΠΑΟΚ, που απέκτησε από τον ΑΠΣ Αίαντα Αμυνταίου τον διεθνή με την Εθνική ομάδα των Παμπαίδων Θωμά Κώττα. Ο γεννημένος στις 27 Απριλίου 1996 και ύψους 2μ.01 νεαρός αθλητής, υπέγραψε σήμερα το συμβόλαιό του με τον ΠΑΟΚ και θα αποτελέσει στέλεχος των τμημάτων υποδομής, με την προοπτική την προώθησή του και στην πρώτη ομάδα", ανέφερε μεταξύ άλλων η ανακοίνωση της ΚΑΕ στις 16/6/2011.
Οταν ακολούθησε για πρώτη φορά την αποστολή σε επίσημο ματςΟ Θωμάς Κώττας για πρώτη φορά ακολούθησε την αποστολή της "πρώτης" ομάδας σε επίσημο αγώνα στις 27/4/2013 καθώς στις 28/4 ο ΠΑΟΚ έπαιξε εκτός έδρας με τον Απόλλωνα Πατρών. "Αξίζει να σημειωθεί ότι ο γεννημένος στο Αμύνταιο στις 27 Απριλίου του 1996 Θωμάς Κώττας, είναι ο μικρότερος σε ηλικία παίκτης που συμπεριλήφθηκε φέτος στην αποστολή της ομάδας σε επίσημο αγώνα, ήταν η ενημέρωση της ΚΑΕ.
Ο Παπαδόπουλος πίστευε στον Κώττα και αυτός... έμαθε από τον "Λάζο"Τον Κώττα αλλά και τον Αντώνη Κόνιαρη (ήταν στον ΠΑΟΚ πριν μετακομίσει στον Παναθηναικό) τους είχε σε ιδιαίτερη εκτίμηση ο Λάζαρος Παπαδόπουλος. Οταν το καλοκαίρι του 2013 ο "Λάζος" ήθελε να υπάρχει ένα πιο... ελληνικό στοιχείο στον "Δικέφαλο" προκειμένου να παραμείνει στους "ασπρόμαυρους", είχε την άποψη πως στην "πρώτη" ομάδα θα πρέπει να παίρνουν χρόνο συμμετοχής (και γενικώς να έχουν ρόλο) οι Κόνιαρης και Κώττας, για τον οποίο από τότε ο Παπαδόπουλος διέκρινε το ταλέντο του.
Από τον τελευταίο, ο νεαρός σέντερ έμαθε πολλά πράγματα για το παιχνίδι του και σε αυτό αναφέρθηκε ο Κώττας μετά το τέλος του αγώνα με την Καβάλα. "Στις προπονήσεις με τον Σόφο και τον Λάζαρο (σ.σ. Παπαδόπουλο), έμαθα πολλά. Με βοήθησαν στον τρόπο παιχνιδιού μου", ανέφερε ο καλαθοσφαιριστής του ΠΑΟΚ που "πήρε" καλά σχόλια από τον Σούλη Μαρκόπουλο, ο οποίος το Σάββατο είπε: "Είναι φέρελπις παίκτης (σ.σ. ο Κώττας). Εχει καλά χαρακτηριστικά αλλά πρέπει να βάλει δύναμη. Επιθετικά έχει πλουραλισμό καλό και αν βελτιώσει τις ισορροπίες του, έχει μπροστά του μέλλον".
Οι πόντοι του τις δύο προηγούμενες σεζόν... λιγότεροι από τους 15 κόντρα σε ΚαβάλαΣτο παιχνίδι με την Καβάλα ο Κώττας είχε την δυνατότητα να ξεδιπλώσει το ταλέντο του και εκτός του ότι έκανε ρεκόρ καριέρας, με αυτούς τους 15 πόντους ξεπέρασε όσους είχε πετύχει μαζί τις δύο προηγούμενες σεζόν στο πρωτάθλημα. Την αγωνιστική χρονιά 2013-14 είχε δύο πόντους (στο ματς με τον Ηλυσιακό) ενώ την αγωνιστική χρονιά 2014-15 είχε συνολικά 12 πόντους (κόντρα στον Κόροιβο είχε έναν πόντο, απέναντι στα Τρίκαλα οχτώ και τρεις πόντους στο πρώτο εκτός έδρας ματς των πλέι οφ με τον Παναθηναικό).
Μακαρι να συνεχισει ετσι και να τον επιλεγει πιο πολυ ο Σουλης.
